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利用公共数据库已有的ISSR序列信息，检验了29条ISSR引物在谷子等狗尾草属植物基因组的扩增性，其中14条在狗尾草属中有良好扩增，其余15条在狗尾草属中无任何扩增。能稳定扩增的14条引物全为3＇-锚定引物，6条5＇-锚定引物在狗尾草属中得不到扩增。研究发现AG，GA和CA重复的引物在狗尾草属植物有较好扩增，且多态性强。利用正交试验设计，从Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶4种因素、4个水平对狗尾草属谷子ISSR反应体系进行优化，确定了适合谷子的ISSR反应体系，在20乩体系中，含1×PCR