2005年6月“中国科学出版集团有限责任公司”完成工商注册，正式成立。这是北京地区首家注册的出版集团有限公司。集团公司完成工商注册，是集团改制试点工作迈出的关键性一步。中国科学出版集团有限责任公司对所属企业占用的经营性国有资产行使出资人权利，对国有资产和国有股权依法进行经营、管理与监督，并对有关经营性国有资产承担保值增值责任。
　　为了有效推动整体转制和有利于转制后公司发展，集团针对成员单位中国有资产及国有股份归属关系较为复杂的特点，将体制改革工作分为两步操作:第一步，由中国科学院和中国科学院国有资产经营有限责任公司（国科控股）共同出资注册成立“中国科学出版集团有限责任公司”;第二步，中国科学院和国科控股将拟进入集团公司的成员单位占用的国有资产（国有股权）经营管理事项以《托管协议》方式委托集团公司全权管理。
　　在坚定不移积极推进文化体制改革试点工作的同时，集团十分注意抓好经营工作。2005年，面对激烈的市场竞争环境和图书市场销售不景气的局面，科学出版社科技图书销售仍然增长了17%。回顾2005年，集团为体制改革工作取得较大进展而感到欣慰，展望2006年乃至“十一五”发展，我们对集团的未来充满信心，但也感到巨大的压力和紧迫感。集团在未来的发展过程中，我们将面临诸多挑战。例如:数字化出版冲击传统出版业，数字内容产业正在形成。数字出版已经形成了强大的发展势头，正在日益影响和改变着人们的阅读习惯、消费结构和认知取向，它将改变我们的传统纸质出版形式、经营模式和经营理念、人才结构等。
　　未来的发展，挑战与机遇并存。集团“十一五”期间，计划建设“一个平台、两个中心”，即建立集团科技内容资源数据平台，以适应数字化出版和内容产业发展的需要，同时将集团建设成为中国优秀科技成果的发布中心和国外优秀科技成果的引进中心。
　　集团的目标是，经过5年的努力，把中国科学出版集团建设成为以科学、技术、医学、教育为主要领域的高水平、综合性、国际化的传媒集团，成为集图书、期刊、报纸、文献信息与服务、网络出版、进出口、印刷等为一体的中国科技出版旗舰。