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由中国科学院新疆生态与地理研究所为依托单位组建的“新疆荒漠一绿洲生态建设工程技术研究中心”，2002年3月经自治区科技厅批复成立，2004年12月通过自治区科技厅验收。为使工程技术研究中心发挥更大作用，2004年3月由自治区科技厅推荐向国家科技部申请组建“国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心”，2006年12月经国家科技部批准同意组建“国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心”。