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本文是“分支分类的一种计算方法-最大同步法”一文的姐妹篇。两种方法支算过程基本相同,不同之处乃是最小平行进化法利用平行进化的概念,首先确立两个分支单位相结合时产生平行进化的步数,即平行进化系数的计算公式,对所有待结合分支单位间计算平行进化系数,然后根据俭约性原理,要获最俭约演化树谱图,应该尽该尽可能减少平行进化,也就是说在选择结合的分支单位时,选择平行进化系数最小者优先结合。于是建立起一种新的分支