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清王朝在消除明郑政权威胁后，将台湾纳入版图中并迅速设府划县，遣官守土。朝廷对台湾善后建设采取了加强海岛的海防管控、建学宫立书院与发展举业、宣讲圣谕、推动民心向化以及革除社会陋习等多种措施，以改善文教设施、增进番民的互动，力图尽快将“化外”台湾纳入内地发展的轨道之中。然而，随着朝廷对海疆台湾的开发政策转向消极，实施番汉隔离，致使海防减弱、社会发展缓慢与多种社会矛盾积累。