采用磷脂脂肪酸(PLFAs)生物标记法,分析了4个以Ⅱ-32A为母本和3个以制5为父本的系列杂交水稻组合在同等栽培条件下根际土壤的微生物群落结构,并探讨其与水稻特性的内在联系,以期为水稻育种和品种改良提供科学依据。结果表明,水稻根际土壤磷脂脂肪酸生物标记丰富,共检测到38种PLFAs,其中完全分布的生物标记有23种,不完全分布的有15种;水稻根际土壤中PLFAs含量细菌>真菌>放线菌。不同水稻材料根际土壤微生物磷脂脂肪酸生物标记组成结构存在差异。对根际土壤特征磷脂脂肪酸生物标记16:0(细菌)、18:1ω9c(真菌)、10Me17:0(放线菌)、10Me16:0(硫酸盐还原细菌)和16:1ω5c(甲烷氧化菌)比较可知,制5系列组合含量高,最高的为金生优制5,Ⅱ-32A系列组合较低,含量最低的为Ⅱ优797。对PLFAs总量和水稻特性进行Pearson相关分析,结果表明,PLFAs含量与水稻有效穗数和产量呈显著正相关,但与株高呈显著负相关。对水稻根际土壤磷脂脂肪酸生物量总量进行聚类分析发现,Ⅱ-32A系列组合聚为一类,制5系列组合聚为一类,表现出水稻遗传特性在其根际PLFAs上的差异性。研究结果表明,水稻根际土壤微生物群落PLFAs结构丰富,根际土壤微生物群落结构受水稻遗传亲缘关系的影响。