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矿区位于保山——镇康弧后盆地南西部,夹持于南北向怒江大断裂和北东向南汀河断裂之间。该区古生代以来为一个沉降盆地,处于相对稳定的凹陷区,为碎屑岩及碳酸盐岩的台盆相沉积,富含有机质,并伴有小规模的基性火山喷发及基性、超基性岩侵入。矿化主要产于由碎屑岩与碳酸盐岩的岩性相变带上,形成喷流沉积型或热液层控型脉状多金属矿床。南伞连格寨铅锌矿属层控中——低温热液脉状多金属矿床。