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新建本科院校系部科研档案管理的主要内容有科研人员材料、科研项目材料、科研成果材料和科研文书材料。目前，新建本科院校系部科研档案管理存在的主要问题是收集不全、归档不对、保存不好、利用不多，复印件多、文字材料多而原件少、磁盘少、图表少、照片少、录像带少。新建本科院校系部应采取加强学习宣传方针、档案意识、制度建设、人员素质、管理手段、开发利用等措施来提高科研档案的管理。