【摘 要】
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目的 了解异尖科线虫线粒体基因组序列特性及其在分子分类和系统进化研究中的价值. 方 法从NCBI网站获得5种异尖科线虫的线粒体基因组序列数据,应用ClustalW、MEGA7、ARWEN进
【机 构】
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中国农业科学院上海兽医研究所,农业部动物产品质量安全生物性危害因子风险评估实验室(上海),农业部动物寄生虫学重点实验室,上海200241
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目的 了解异尖科线虫线粒体基因组序列特性及其在分子分类和系统进化研究中的价值. 方 法从NCBI网站获得5种异尖科线虫的线粒体基因组序列数据,应用ClustalW、MEGA7、ARWEN进行核苷酸与编码氨基酸比对;利用ESPript和PyMOL软件分析COX1蛋白一级结构,比较各蛋白三级结构模型. 结果 异尖线虫科线粒体DNA为双链闭环分子,长度为1.32～1.40 kb.共有36个以相同方向排列的基因,其中编码蛋白质的基因12个,编码tRNA的基因22个(含亮氨酸-tRNA和丝氨酸-tRNA基因各2个,其余18种氨基酸tRNA各1个),编码rRNA的基因2个(分别为16S核糖体RNA(rRNA)和12S rRNA).在12个蛋白编码基因中,CYTB和Nad2基因进化速率快,而cox1和nad4L基因则保守.线粒体tRNA长度为52～65 bp,数目在6～9个之间,其中布兰地线虫(A.berlandi)的tRNA数目较多,为9个,而对盲囊线虫(C.ogmorhini)和简单异尖线虫(A.simplex)均为6个.tRNA二级结构多为经典的三叶草结构,少数为D-loop结构.简单异尖线虫与派氏异尖线虫(A.pegreffii)亲缘关系较近,拟地新线虫(P.decipiens)和简单异尖线虫与派氏异尖线虫的亲缘关系较远,对盲囊线虫与以上各虫种的亲缘关系较远.编码蛋白序列同源性比对显示,对盲囊线虫的COX1与其他4种异尖线虫差异较大,有17个氨基酸与其他4种不相同.氨基酸序列三级结构比对显示,对盲囊线虫的COX1有两处位点的折叠与其他线虫存在差异. 结论 异尖科线虫线粒体基因组分布均一,排列紧密,种间编码的蛋白质序列差异较小.A.pegreffii和A.simplex与A.berlandi的同源性较高,COX1可以作为异尖科线虫中重要的标志性蛋白.
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