目的了解西安市及周边地区百日咳鲍特菌(Bp)5种疫苗相关抗原基因(ptx A、ptx P、prn、fim3和fha B)的型别分布。方法对2012-2014年西安市儿童医院患儿350份鼻咽拭子(NPS)标本进行Bp的IS481和Ptx-pr基因检测,对双基因阳性的NPS标本进行5种疫苗相关抗原基因的扩增和测序,并与分离菌株的测序结果进行验证;分析5种抗原基因扩增的敏感性和特异性。结果从350份NPS的190份(54.3%)中成功扩增5种基因并测序;ptx A、ptx P、prn、fim3、fha B扩增成功率分别为56.0%、61.1%、63.1%、60.0%、57.4%,其敏感性分别为67.3%、73.5%、76.0%、72.2%、69.1%,特异性均为100%。ptxA和fhaB分别只有一种基因型,ptx A1和fha B1;ptx P、prn、fim3分别以ptx P1、prn1、fim3-1为主。菌株测序结果与相应NPS的测序结果一致。结论可以直接从Bp DNA阳性的NPS中进行主要Bp抗原基因型别分析,西安市及周边地区Bp基因型组合以ptx A1/ptx P1/prn1/fim3-1/fha B1为主。