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基于测量域提出了新的导航系统完好性度量算法。充分考虑所需导航性能参数和不确定的噪声的因素，运用概率优化方法进行故障监测。选择适当的性能参数，与漏检率具有一一映射关系，估算故障概率，并对此进行了讨论。在该算法中，利用残差灵敏度矩阵的各个特点提高识别有误差观测数据的效率。该算法可用于完好性监测的性能要求规定，计算高效。非精密进近的仿真结果证明了该算法的有效性。