灵岩寺内的树木大都有些年岁了，有的更是长达千年而不衰。能够生长古树的地方，其土壤、水源、气候等通常是得天独厚的。所以，当我们去观赏这些古树的时候，一定要驻足呼吸一下这里的空气，喝一口这里的水。同时闭上眼睛，感受一下这些树背后的千年历史。
　　可以说，记载灵岩寺历史真正的“活见证”，就是这些有着旺盛生命力的树木了，这是寺中千年来一直活着的灵魂。

被称为佛门“圣树”的银杏树

　　说到与佛教有密切渊源的植物，很多人都会首先想到菩提树。“菩提”一词是梵文Bodhi的音译，意思是觉悟、智慧，用以指人如梦初醒，豁然开朗，顿悟真理，达到超凡脱俗的境界。传说佛祖释加牟尼在菩提树下圆寂，于是菩提树便成为佛教徒心中的圣树。
　　然而菩提树是热带、亚热带的常绿植物，在中国大部分地区都很难自然成活。所以唐代高僧就以适应性强、秋季满树黄叶的银杏树取代菩提树，在我国各地佛教寺庙广为栽植。因此，银杏树也被称为“中国的菩提树”。

　　银杏树洁净素雅，层次分明，有不受凡尘干扰的宗教意境，而且银杏树是现存种子植物中最古老的植物。银杏树生长较慢，寿命极长，自然条件下从栽种到结银杏果要二十多年，四十年后才能大量结果，因此又有人把它称作“公孙树”，有“公种而孙得食”的含义，是树中的老寿星。植物学家常把银杏与恐龙相提并论，并有植物界的大熊猫之称。
　　在济南的其他地方，古银杏树一般也就一两棵，而灵岩寺景区内，有十余棵高大粗壮的银杏树。其中最为著名的银杏树是被列入世界自然遗产名录的“四世同堂”，大雄宝殿前的三棵已有1200年的历史。灵岩寺的银杏年龄过千年的很多，皆苍老遒劲，与寺庙的晨钟暮鼓，袅袅余烟相称。
　　银杏长寿，其汁液是天然的杀虫剂，也因此即使寺庙道观里种了很多树种，其它树种树龄短相继枯死，银杏树却越活越旺盛。

“青筋裸露”的青檀树

　　除了银杏树之外，另一种青檀树也向游人讲述着同样久远的故事。相传古代绝世美男潘安仰慕青檀的欣欣向荣、千姿百态，遂给自己取号为檀奴，爱慕潘安的女人们则把他称作“檀郎”，后来“檀郎”就演变为“如意郎君”之意。现在灵岩寺的南院还有两株七米多高的千年青檀，因二树并列，又名“鸳鸯檀”。据说在树下合影的情侣，无不亲密缠绵似鸳鸯，忠贞不渝如青檀。如今，这株千岁檀如今仍古枝参差，老根盘曲，如浮云游龙，为灵岩寺一大景观。
　　青檀树是靠枝叶吸取养份，根只是用来固定枝干，大多长在石壁之上，根部深深扎入岩石之中，大概因为岩石坚硬，根生长缓慢，在岩石外部形成了巨大的扭曲的外根。因此山间寺庙门楣之上的石缝中，或山路一侧的岩石上，多有青檀树顽强的影子。它们的树根钻出地面后“青筋裸露”，盘绕在一起，展示出强大生命力，被大自然的鬼斧神工和岁月的沧桑雕塑成了一件件令人叹为观止的艺术品。

象征“万事如意”的摩顶松

　　灵岩寺的摩顶松位于大雄宝殿西北侧，是“灵岩八景”之一。树干鼓出似如意。紧挨着树根长着两棵柿子树，一棵叶子大，一棵叶子小，据说结出的柿子也是大小不一样。因此这树被寓意“万事如意”，结系着层层的红布条以祈福佑安。石栏旁嵌着明代嘉靖年间山东巡按监察御史张鹏所题的“珠树莲台”石刻，及乾隆皇帝御书“摩顶松”字碑和御制图诗碑。僧人将玄奘的传说附会到灵岩寺，称当年大唐玄奘去西天取经，临行时手摩此松顶曰：“吾西去求佛，汝枝西长；归时，东向，使吾门弟子知之。”玄奘走后，树枝果然年年西指，却一年忽然东指，弟子出门去西迎，玄奘果然带着六百部佛经归来。“摩顶松”由此得名。说它是青松，其实原是翠柏，因为“柏”与“悲”同音，所以谓之松字。

被汉文帝祝词的汉柏

　　在千佛殿东南隅，有一棵枝子如龙、奇形怪状、中间空洞的柏树，通高得20多米，树干老粗，两个人都围不过来。柏树前置有一块“明万历三十六年四月朔日吉立”的《汉柏纪》碑。碑上说：西汉文帝刘恒有一天吃完晚飯后，心情烦闷便宽衣睡觉了，不长时间就做起梦来：在泰安的西北角下，有一片很壮观的庙，在庙的左边，长着一千多棵黑绿色柏树。汉文帝梦醒后，认为这是一个吉祥的征兆，于是就命令大臣邓通来泰山查看，以证虚实。邓通接到旨谕后不敢怠慢，赶紧麻利儿地率领人马从长安出发，直接来找泰山西北的庙。邓通一行经过长途跋涉，顺着泰山西北方向来到灵岩峪，只见一片荒草坡，找遍了山谷，不见有什么庙宇，倒看见有一棵刚刚长出一点的小汉柏苗，无功而返。邓通一行回到京城，上报皇上没见着什么大庙！文帝大喜，认为从梦中所见到的情景和这实地发现的柏芽，象征着贫穷的国家开始走向富强。于是汉文帝为此树祭祀，并预言：灵岩必兴圣教，渊源延绵，传播无尽，即“当兴此山，并传不朽”。从这以后，汉文帝一心为国政，加强边疆力量，发展国家经济，国家迅速强盛起来，使汉朝很快发展成为当时世界上以及中国历史上强大的国朝。而后来的灵岩寺，自东晋朗公大师开创道场以来，高僧辈出，佛光普照，“四绝称最”，至今以逾1600多年了，正应了文帝之言。