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1987年，Ishino等在大肠杆菌中首次发现了一段独特的被非重复序列所间隔的“串联重复序列”。2002年，Jansen等将此特点的序列命名为成簇规律间隔短回文重复序列（clustered regularlyinterspaced short palindromic repeats，CRISPRs）.2012年，Jinek等首次体外证实CRISPR相关蛋白9（CRISPR-associated protein 9，Cas9）能够切割DNA，使得CRISPR-Cas9基因编辑技术取得了突破性进展。