蛋白相互作用是指细胞内蛋白-蛋白间的物理相互作用, 通过酵母双杂交系统和基于质谱的蛋白吸附沉淀技术, 在酵母细胞中获得了大规模的蛋白相互作用数据.收集了文献报道的共2617个酵母蛋白的11855条相互作用.通过分析酵母细胞的大规模基因表达谱数据, 获得不同基因间表达的相关性.蛋白复合物数据也可以获得, 并能转换成蛋白两两关系数据.综合分析蛋白复合物、蛋白相互作用数据和基因表达数据可以发现三者之间的相关性.结果显示, 有相互作用或表达谱相似的蛋白都比随机抽取的蛋白同属一蛋白复合物的几率高; 并且, 有相互作用且表达谱相似的蛋白同属一蛋白复合物的几率更高.这一研究表明, 对现有的大规模蛋白复合物数据、蛋白相互作用数据和基因表达谱数据进行整合、分析, 可以揭示它们之间的关联性, 并且有助于获得这些数据蕴含的公共信息.这种研究方法对于其他的大规模数据, 如蛋白组数据、表达谱数据、蛋白的细胞定位数据和表型数据的综合分析有很好的借鉴意义.