为了研究灯盏花黄酮对腹泻仔猪肠道微生物多样性的影响,试验将20头60日龄健康仔猪分为空白组、药物组、阳性组和模型组,第1～3天除空白组外其他组仔猪按体重灌服浓度为3×108 cfu/mL的沙门氏杆菌液0.5 mL/kg;第1～10天药物组仔猪按体重灌服灯盏花黄酮1 mL/kg,阳性组仔猪按体重灌服氟苯尼考1 mL/kg,空白组和模型组仔猪灌服等量的纯化水。观察仔猪临床症状,在第4,8,11天采集各组仔猪粪便进行微生物多样性分析。通过OTU序列与相应微生物数据库进行比对,得到各样本的物种聚类信息与各水平注释信息;基于聚类结果进行α多样性分析和β多样性分析;基于β多样性分析结果进行UPGMA聚类分析和Kru-Wall秩和检验分析;基于注释结果进行物种分类分析和差异物种分析。结果表明:仔猪灌服沙门氏杆菌后,出现精神沉郁、伏卧、采食和饮水减少、排黄色稀便等症状。空白组、药物组、阳性组和模型组在第4,8,11天共有的OTU数目分别为912,872,780,796条,空白组和药物组高于阳性组和模型组;在第11天空白组、药物组、阳性组和模型组特有的OTU数目分别为84,96,74,37条,药物组高于其他3组。与第4天比较,第11天药物组的Chao指数升高,而模型组下降;ACE指数变化趋势与Chao指数相同;药物组的Shannon和Simpson指数相对稳定,第8天与第4天相比模型组Simpson指数显著降低（P<0.05）。UPGMA聚类分析药物组和空白组分布相对均匀,模型组和阳性组分布相对集中。Kru-Wall秩和检验空白组和药物组菌群波动性较小,模型组菌群波动性较大。在门水平上,相对丰度最高的为厚壁菌门,其次为拟杆菌门,模型组浮霉菌门和蓝细菌相对丰度极显著高于药物组和阳性组（P<0.01）,药物组互养菌门相对丰度极显著高于模型组和阳性组（P<0.01）。在属水平上,药物组普雷沃氏菌相对丰度极显著低于模型组和阳性组（P<0.01）,乳酸杆菌相对丰度极显著高于阳性组和模型组（P<0.01）;模型组巨型球菌相对丰度极显著高于阳性组和药物组（P<0.01）,粪杆菌属相对丰度极显著低于药物组和阳性组（P<0.01）。说明灯盏花黄酮能够调节肠道菌群丰度,有利于腹泻仔猪康复,具有替代抗生素的潜力。