1989，苏军撤出阿富汗后，“伊斯兰国”的约旦创始人 Abu Musab al-Zarqawi（扎卡维）抵达巴基斯坦加入圣战组织组织。
　　1992 扎卡维回到约旦，立即受到追踪。
　　1999 扎卡维离开约旦前往巴基斯坦，重拾几年前放下的人生。
　　2000 扎卡维负责在阿富汗与伊朗国境上的阿第三大城市Herat的训练营。该营地有一个“一神教和圣战”的标志，后来成了他在伊拉克的组织的名字。
　　2003年8月7日 “一神教和圣战”发起对巴格达的约旦大使馆的人体炸弹行动，刺杀了伊拉克复兴社会党最高委员会领导人Ayatollah Mohammed Baqir al-Hakim。
　　2003-2005 扎卡维分子依然是伊拉克武装分子中的小型势力。
　　2006年1月 扎卡维宣布在伊拉克建立圣战指导委员会。
　　2006年6月7日 扎卡维受到美国空袭身亡，指导委员会指定埃及人Abu Ayyub al-Masri（另有化名Abu Hamza al-Muhajir）作为继任者。
　　2006年10月 Muhajir声称他的组织是伊拉克本土的伊斯兰抵抗运动的一部分，他称之为伊拉克伊斯兰国，受到伊拉克人Abu Omar al-Baghdadi（巴格达迪）领导。
　　2010年4月 Muhajir和巴格达迪被杀。
　　2010年5月 Abu Bakr al-Baghdadi受命领导ISIS。2011年8月，在齋月期间，巴格达迪（Bakr）派出十余人在叙利亚发展分支，在Jabhat al-Nusra li ahl al-Sham 领导下取得成功（支持叙利亚人民阵线）。
　　2013年4月 巴格达迪单方面宣布合并阵线和ISI成立伊拉克和黎凡特伊斯兰国（Isis）。
　　2014年6月28日 在斋月头一天，巴格达迪宣布将Isis更名为伊斯兰国。