【摘 要】
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开发不同种质资源天麻茎秆转录组的SSR SNP和InDel位点，为分析不同天麻种质资源的早期鉴定、分子育种和遗传多样性分析提供理论依据。利用MISA软件对天麻（Gastrodia elata BI）转录组SSR进行检索分析，利用使用SAMTOOLS及BCFTOOLS来寻找SNP位点及INDEL位点。结果表明，从天麻转录组中筛选出20 855个SSR位点，在21 521条Unigenes序列检测到S
【机 构】
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云南中医药大学南药研究院中药材栽培研究所
【基金项目】
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云南中医药大学高层次人才项目（No.30270104868）； 云南省科技厅-云南中医药大学中医联合专项重点项目（No.202001AZ07001-010）； 云南省级环境保护专项资金项目（2014BI006）共同资助；
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开发不同种质资源天麻茎秆转录组的SSR SNP和InDel位点，为分析不同天麻种质资源的早期鉴定、分子育种和遗传多样性分析提供理论依据。利用MISA软件对天麻（Gastrodia elata BI）转录组SSR进行检索分析，利用使用SAMTOOLS及BCFTOOLS来寻找SNP位点及INDEL位点。结果表明，从天麻转录组中筛选出20 855个SSR位点，在21 521条Unigenes序列检测到SSR位点，平均每5.11 kb含有一个SSR位点。主要以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为主，分别占总重复类型的46.46%、31.19%和20.37%，优势重复基元为A/T （37.47%）、AT/AT （8.58%）、AAG/CTT （5.95%）。在天麻转录组中发现4 861 242个SNP位点，包含3 267 178个转换类型和1 576 950个颠换类型;转换与颠换的比值为2.07；筛选出234 372个INDEL位点，仅包含1个INDEL位点有213 433个，占总INDEL位点的91.07%。天麻转录组中SSR、SNP和InDel位点数量多，多态性好、类型丰富，为天麻种质资源鉴定、遗传多样性分析等研究提供参考数据。
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