【摘 要】
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为挖掘脊椎动物胚胎发育过程中皮肤调控模式的改变,以鸡胚作为模型,利用来源于NCBI数据库的SRA数据子库中胚胎发育第6～21天的皮肤组织RNA-Seq数据进行聚类分析,在基因共表达网
【机 构】
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内蒙古民族大学生命科学与食品学院,内蒙古通辽028000;内蒙古民族大学生物信息学重点实验室,内蒙古通辽028000;内蒙古民族大学动物科学技术学院,内蒙古通辽028000;内蒙古民族大学生物信息学重
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为挖掘脊椎动物胚胎发育过程中皮肤调控模式的改变,以鸡胚作为模型,利用来源于NCBI数据库的SRA数据子库中胚胎发育第6～21天的皮肤组织RNA-Seq数据进行聚类分析,在基因共表达网络、信号通路、蛋白互作网路3个层面基于网络拓扑属性逐步挖掘核心基因集,并分析核心基因集在不同发育阶段的互作网络变化.结果表明:1)鸡胚皮肤发育过程在基因谱水平上可分成5个阶段,分别为6～9 d、10～12 d、13～14 d、15～17 d和18～21 d;2)功能富集分析表明发育早期的皮肤分化程度低、可塑性强,中期是皮肤毛囊发育关键期,最后4 d为皮肤细胞外基质建立期,分子发育过程存在严格的顺序模式;3)在基因调控网络层面深度挖掘并筛选鸡胚皮肤发育的分子调控过程.综上,本研究根据网路拓扑属性结合蛋白互作数据库提出参与不同发育模块的关键枢纽基因,为转录组测序数据的分析及脊椎动物皮肤发育过程的分子机制研究提供一些新的视角和分析方法.
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