鼠疫是由鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)引起的烈性传染病。鼠疫菌质粒是鼠疫菌染色体外的遗传物质,3种常规质粒中,p MT1质粒序列变化最大,结构组成最复杂,目前对其研究相对较少。应用BLAST和Mauve软件对已有36株菌株的pMT1质粒序列比对,对鼠疫菌pMT1质粒的序列特征、基因及其功能研究分析。结果显示基因模块存在较大重排,模块排列存在较大差异,同一生物型有可能差异较大,不同生物型也有模块相似,但同一生物型较不同生物型差异相对较小;插入序列数及位置不同,部分菌株pMT1质粒序列上的毒力基因存在基因突变;一些菌株的pMT1质粒序列中含有其他菌株没有的特殊基因,以及其他功能尚不清楚的基因。对鼠疫菌pMT1质粒的序列分析研究,可以增进对鼠疫流行的认识,对疫苗开发及制定合理的防治对策具有重要意义。