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目的研究2008年中国甘肃省手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)患者中,人肠道病毒71型(Human Enterovirus 71,HEV71)的分子进化特征。方法采集甘肃省门诊就诊的HFMD患者粪便、疱疹液、咽拭子标本进行病毒分离,然后对阳性病毒分离物进行HEV71特异性逆转录-聚合酶链反应鉴定,随机选取20株HEV71阳性分离株进行VP1编码区基因扩增和核苷酸序列测定和分析,与其它38株各基因型和基因亚型的HEV71代表株构建基因亲缘性关系树。结果20株甘肃省HEV71分离株,与1998年以来在中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)分离的HEV71在核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高,尤其与2008年中国流行的HEV71同源性最高,与C4亚型代表株聚为一支,属于C4基因亚型C4b进化分支。但20株HEV71之间在VP1区核苷酸和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为92.5%～100.0%和96.9%～100.0%。在亲缘进化树中显示,这些HEV71分离株处在不同的簇中,表现为20株HEV71分离株至少属于7条病毒传播链。结论2008年甘肃省流行的HEV71属于C4基因亚型C4b进化分支,并且存在多个传播链。它们与2008年中国其它省流行的HEV71在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,说明甘肃省HEV71不是独立进化的,而是与中国流行的HEV71在共同进化。