【摘 要】
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目的:应用生物信息学方法探讨胃癌的潜在生物标志物.方法:检索与“Gastric cancer”相关的数据集,使用R语言和韦恩图分析胃癌中的差异表达基因(DEGs);使用DAVID软件对DEGs进行功能注释;利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络并确定核心基因;Oncomine数据库分析核心基因在胃癌中的表达模式;最后,利用Kaplan-Meier数据库分析核心基因的预后价值.结果:NCBI筛选获得3个与胃癌相关的数据集,得到了110个DEGs.功能富集分析显示,DEGs主要富集在细胞外基质受体相互作用
【机 构】
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汕头大学医学院第二附属医院输血科,广东汕头 515041;汕头大学医学院长江学者实验室/广东省乳腺癌诊疗重点实验室/生理学教研室,广东 汕头 515041;汕头大学医学院长江学者实验室/广东省乳腺癌诊
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目的:应用生物信息学方法探讨胃癌的潜在生物标志物.方法:检索与“Gastric cancer”相关的数据集,使用R语言和韦恩图分析胃癌中的差异表达基因(DEGs);使用DAVID软件对DEGs进行功能注释;利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络并确定核心基因;Oncomine数据库分析核心基因在胃癌中的表达模式;最后,利用Kaplan-Meier数据库分析核心基因的预后价值.结果:NCBI筛选获得3个与胃癌相关的数据集,得到了110个DEGs.功能富集分析显示,DEGs主要富集在细胞外基质受体相互作用的功能和途径中.其中一组基因在胃癌组织中显著上调,并以COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL12A1、COL6A3、COL10A1等为重要节点构成蛋白质-蛋白质相互作用网络.利用miRNA-mRNA分析发现hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-29b-3p和hsa-miR-29c-3p可以同时调控COL1A1、COL1A2、COL6A3和COL2A1,且均属于hsa-miR-29家族成员.进一步分析核心蛋白在胃癌中的表达情况,发现collagen家族成员中COL1A1、COL1A2、COL12A1、COL6A3、COL10A1等在胃癌组织中均较正常胃组织表达上调(P<0.05).生存分析显示COL1A1、COL1A2、COL12A1、COL6A3、COL2A1和COL10A1高表达患者较低表达患者预后差(P<0.05).结论:本研究发现胶原蛋白在胃癌中表达明显上调,并与胃癌患者的预后密切相关,可能是胃癌患者潜在的生物标志物.
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