国库集中收付制度改革是继分税制改革后我国财政重大改革之一，是建立公共财政管理体制的必然要求，是涉及全局的反腐治本的重要措施。其在体制、机制、制度、源头上遏制和防范腐败的作用逐步显现，实践证明这项改革是规范政府性资金收支较彻底、完善、可靠的模式：一是建立了财政管理新模式，推动发展了财政各项改革的实施。二是聚集了沉淀资金，提高了资金使用效益。三是强化了预算约束，提高了预算执行的透明度。四是强化了动态监控，提高了预算单位的财务管理意识和管理水平。
　　
　　一、当前国库集中收付制度改革遇到的困难与存在的问题
　　
　　1.预算编制改革有待进一步深化
　　按照现代国库管理制度的要求，国库集中收付制度需要与之相匹配科学健全的预算管理制度、金融体系及规范的政府运作机制。其中，预算管理制度方面主要是预算编制改革有以下几方面有待进一步深化。
　　(1)预算编制不够细化。预算编制细化的一种有效途径是实行部门预算和编制政府采购计划。而实际情况是，预算编制改革并未完全到位，如我们在财政审计中就发现，部门预算项目的具体内容及构成在预算中反映不出来；政府采购计划的编制不够完善；对财政资金的“二次分配”，都使国库集中支付缺少明确的依据，造成国库收付制度的监控职能难以有效发挥。
　　(2)预算編制科学性不够。比如，年初核定的单位基本支出预算不足，有些单位第四季度所剩指标就无法满足统发工资需要，为了确保工资按时发放，不得不先挤占公用经费，造成的缺口再想办法追加。又如，先要钱、后定项目的情况仍然存在，致使预算确定的资金与项目实际需要不匹配，预拨款项较多，执行中调整也较多，既影响了国库集中支付的规范性，也增加了国库部门业务量。
　　(3)经费包干办法对国库集中支付形成挑战。在老的财政体制下，由于财权上移事权下沉造成的财政压力使地市级及县乡级财政财力严重不足。在财力不足情况下，有的地方采用费用包干办法在一定程度上发挥了加强管理、节约资金的作用。但是，经费包干意味着降低预算编制要求，从长远看会给国库集中支付改革带来困难。
　　2.相关配套制度办法不够完善
　　(1)制度建设还没有到位，需要提升现行制度的法律层次和建立健全适应现代财政国库制度运行的法规体系。从某种意义上说，财政直接支付机构进行的会计核算是总预算会计的核算的延伸，但是有关的会计制度未作适应性调整，总预算会计制度及行政事业单位会计制度都不具备对改革后的会计核算进行规范的职能。
　　(2)相关体制改革不到位，造成国库集中支付改革保留了一些过渡性办法，影响改革效果。在改革初期，为了减少改革阻力，各地按照“先入笼、再规范”的原则，制定了一些过渡性措施。比如，在改革资金范围选择上，目前很多地方仍局限于预算内资金，预算外资金、政府性基金仍按原来的方式拨付；在支付方式的选择上，有些应该实行直接支付的，也批准预算单位进行授权支付；在年度结余资金处理上，采取了一些权宜措施，等等。
　　
　　二、完善国库集中收付制度的建议
　　
　　1.加强各项改革协调，推进财政管理改革。部门预算、国库集中收付、政府采购是我国财政管理新模式的三大改革。推进国库集中收付需要细化部门预算编制，提高预算透明度，保证国库集中支付有明确的预算依据；科学安排预算编制时间，提前预算批复时间，不突击下达指标，确保国库集中支付工作及时进行；要做好国库集中收付制度改革与政府收支分类改革的衔接工作，确保与新的收支分类体系的对接。此外，还要深化财政综合预算改革，扩大国库集中支付范围，改进国库集中支付工作的运行质量和效率。增强风险意识，对国库集中的资金进行宏观政策研究，慎重调度和运用。
　　2.加强信息系统建设，实现信息资源共享。要保证国库资金安全，首先要保证国库核算系统安全；二是建立银行账户信息管理系统，实现与人民银行、相关商业银行联网，对银行账户实行动态管理，逐步实现预算单位银行账户开设信息的实时查询；三是尽快实现国库信息系统与其它财政业务系统的对接，提高信息的共享程度；四是建立国库管理基础数据库，推进国库收付信息分析与绩效评价体系建设。
　　3.加强法规制度建设，促进依法规范运作。在实行国库集中收付制度后，全国范围内发生了几起如携款潜逃等威胁国库资金安全的案件。在财政审计工作中，国库资金的安全一直被列为重点审查内容。国库集中收付改革的规范化建设，必须以法规制度建设为基础。对改革后法规制度的执行情况要进行监督，以促进国库集中收付制度规范管理，提高预算单位的财务管理水平。与此同时，要规范账户管理，制定严格的内部控制管理制度，注重防范集中收付后的操作风险，防止出现舞弊行为；要进一步明确各预算单位零余额账户的性质，规范零余额账户管理；要建立银行账户信息管理系统，实现与人民银行、相关商业银行联网，对银行账户实行动态管理。