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迄今已从300多种不同的微生物中分离出约4000多种限制酶。很多原核生物在生活中很容易受到外源DNA的入侵，在长期的进化过程中就形成了一套完善的防御机制，以保持自身遗传物质的相对稳定性。限制性核酸内切酶在这个防御机制中就起着至关重要的作用，当外源DNA入侵时，限制酶就可以把这些DNA切割成小片断，使其不能在生物体内表达。