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隐孢子虫（Cryptosporidium）是属于原生动物界的营寄生生活的单细胞原虫。迄今报道过的隐孢子虫虫种有：微小隐孢子虫（C．parvum），小鼠隐孢子虫（C．muris），火鸡隐孢子虫（C．meleagridis），蛇隐孢子虫（C．serpentis），鱼隐孢子虫（C．nasorum）等，对人和大多数脊椎动物造成感染的主要是Tyzzer于1912年发现的微小隐孢子虫（C．p．）。微小隐孢子虫是一种重要的呈世界性分布的机会性致病原虫，可引起人畜共患的隐孢子虫病（cryptosporidiosis）。