不同细胞器基因组转录的ncRNA的序列特征分析和识别

来源 :内蒙古大学学报(自然科学版) | 被引量 : 8次 | 上传用户:wanqadscb
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统计分析了不同细胞器基因组转录的非编码RNAs(non-coding RNAs,ncRNAs)的kmer频数、约化后的碱基组分、结构-序列模式中三联体偏好.并以上述三种特征提取方法分别构成特征向量表示ncRNA序列,利用支持向量机,对四类细胞器基因组转录的ncRNAs的序列进行识别.分析两种不同的碱基约化方式发现,嘌呤/嘧啶约化(MN约化)更能反应不同细胞器基因组转录的ncRNAs的序列信息;考虑结构和碱基种类的结构-序列模式(stru-seq mode)中的三联体短片段(k=3),揭示出ncRNA
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