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以20份分属10个品种群的中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜材料及1份印度南瓜和中国南瓜的种间杂交种为试材,采用390对SSR引物对21份材料进行了多态性及亲缘关系分析。结果表明:供试材料之间具有丰富的遗传多样性,美洲南瓜与中国南瓜亲缘关系较近,二者与印度南瓜的亲缘关系较远;同一亚种内及同一品种群内材料之间具有更近的亲缘关系;利用SSR分子标记做出的聚类结果基本可以将供试材料按照不同品种群分开。