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沉积物中的光合细菌与细菌叶绿素（BChl）包含着丰富的古湖泊和古海洋信息。对光合细菌的生存环境，BChl的分布、保存、演化规律等方面进行了阐述，并探讨了湖泊和海洋沉积物中BChl的环境指示意义。BChl作为厌氧光合细菌的主要色素，不但可以指示水体中厌氧光合细菌的演变，而且能够反映化变层深度变化和水体环境特征，揭示季节性和年际尺度的气候变化。同时，根据沉积物中BChl含量可以估算古气候环境下湖泊和海洋的厌氧初级生产力。