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通过对重庆市企业进行实际调查，运用结构方程模型（SEM）的统计分析方法，分析重庆市企业与大学合作创新中障碍因素对企业合作绩效及其维度的影响作用。研究表明：只有通过宏观与微观组织结构的创新，对研究文化、创新过程、创新方法和人员角色进行根本性的变革与重组，才能构筑起符合现代技术与市场经济发展的校企合作关系。