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十六大以来，我国农业补贴政策经历了资金增加、内容丰富、范围扩大、领域拓展、管理创新的快速增长与巩固完善过程，初步构建起符合中国特色的农业补贴政策基本框架。
以农业“四补贴”为主要内容的农业生产促进补贴政策
这是我国农业补贴政策的典型代表，资金规模从2002年的1亿元增加到2012年的1653亿元，10年累计安排补贴7631亿元。具体包括：一是良种补贴。这是设立最早的补贴政策，2002年中央财政安排1亿元资金，在东北实行大豆良种补贴，正式开启了农业补贴的先河。历经10年扩增，累计安排补贴1149.3亿元，其中2012年补贴资金达到224亿元，补贴品种涵盖了10个主要农作物品种，其中，水稻、小麦、玉米、棉花、东北三省和内蒙古的大豆、长江流域10个省（市）及河南信阳和陕西汉中与安康地区的冬油菜、藏区青稞实行全覆盖，马铃薯、花生、天然橡胶在主产区开展试点，补贴面积共计18.5亿亩。同时，2006年中央财政启动了畜禽良种补贴，目前补贴品种包括奶牛、生猪、肉牛和肉羊，累计安排补贴52亿元。其中，2012年安排补贴资金12亿元，实现了荷斯坦奶牛补贴全覆盖，生猪冻精补贴基本覆盖生猪养殖大县。二是农机购置补贴。2004年国家正式开始对农民购买先进适用农业机械进行补贴，9年中央财政累计投入补贴资金729.7亿元，并从2008年开始补贴政策覆盖了全部农牧业县。2012年，中央财政安排购机补贴200亿元。三是种粮直补。2004年中央财政从粮食风险基金中拿出116亿元，将过去对流通环节的补贴调整为对种粮农民进行直接补贴，2007年后每年安排补贴151亿元，占到了粮食风险基金总规模的一半，9年累计安排补贴1144亿元。四是农资综合补贴。为减轻化肥、柴油等农资价格过快上涨对粮食生产的影响，2006年中央财政在种粮直补基础上又出台了农资综合补贴政策，并研究建立了“价补统筹、动态调整、只增不减”的长效机制，7年累计安排补贴4457亿元。其中，2012年补贴规模达到了1078亿元，亩均补贴达65元。此外，从2006年开始，中央财政设立了渔业柴油补贴政策，7年累计安排补贴728.8亿元，其中2012年达到240亿元。
以大县奖励为重点的地方政府财政奖补政策
为有效缓解县乡财政困难，调动地方政府重农抓粮的积极性，促进粮食稳产增产，2005年国家出台了产粮大县奖励政策。贯彻落实国务院促进油料生产的有关意见精神，2008年国家又出台了产油大县奖励政策。8年来中央财政累计安排产粮（油）大县奖励资金1331亿元，政策惠及1000多个产粮大县和900多个产油大县。其中，2012年奖励资金规模达到280亿元。生猪调出大县奖励政策设立于2007年，迄今6年共安排奖励资金155.2亿元，按照“引导生产、多调多奖、直拨到县、专项使用”的原则，支持地方政府发展生猪生产。其中，2012年安排奖励资金35亿元，政策惠及全国536个生猪大县。
以技术服务补助为主要内容的技术服务补贴政策
第一是农民培训补助。即“阳光工程”，始于2004年，年度资金规模从设立之初的2.4亿元增加到目前的11亿元，每年培训农民350万人左右，培训内容从初期重点转移就业农民的职业技能培训到目前主要面向农业的生产服务技术培训。第二是动物防疫补助。对高致病性禽流感等重大动物疫病实行强制免疫补助和强制扑杀补贴，对村级防疫员实施强制免疫等基层动物防疫工作经费予以补助，对规模化养殖场病死猪无害化处理给予适当补助。第三是农业生产关键技术补助。主要是对农民采用地膜覆盖种植、小麦“一喷三防”、水稻大棚育秧、深松整地作业等防灾减灾、稳产增产效果显著的关键技术进行补助，鼓励农民大面积采用新技术。2012年，中央财政设立了农业防灾减灾稳产增产关键技术良法补助项目，进一步加大对农业生产关键技术的补贴力度。
以农业保险补贴为主要内容的灾害损失补助政策
2007年，按照中央一号文件精神，中央财政启动了种植业、养殖业保险试点。2011年中央财政安排农业保险保费补贴资金91亿元，带动提供风险保障5500多亿元，覆盖农户1.6亿户次。2012年农业保险已经覆盖了玉米、水稻、小麦、棉花、油料作物、糖料作物、马铃薯、青稞、天然橡胶等9个种植业品种，能繁母猪、育肥猪、奶牛、牦牛和藏系羊等5个养殖业品种，补贴扩大到全国范围。对种植业保险补贴品种，在省级财政至少补贴25%的基础上，中央财政东部地区补贴35%，中西部地区补贴40%；养殖业方面，东部地区的能繁母猪和奶牛保险在地方财政至少补贴30%的基础上，中央财政补贴40%，育肥猪保险在地方财政至少补贴10%的基础上，中央财政补贴10%，藏系羊和牦牛补贴65%，其中中央财政补贴40%。
以草地保护为主要内容的农业生态环境保护奖补政策
包括退牧还草补贴政策、草原生态保护补助奖励政策等。退牧还草工程于2003年全面启动，国家对退牧还草给予必要的草原围栏建设资金补助和饲料粮补助。为进一步加强草原生态保护，从2011年起，国务院决定在内蒙古、新疆等8个主要草原牧区省（区），全面建立草原生态保护补助奖励机制，对牧民实施禁牧给予补助，实施草畜平衡给予奖励，同时实行牧民生产性补贴政策和牧草良种补贴等政策，实现了国家支持草原和牧民补贴政策的历史性重大突破；2012年奖补政策覆盖了全部牧业、半牧业县。
以农业“四补贴”为主要内容的农业生产促进补贴政策
这是我国农业补贴政策的典型代表，资金规模从2002年的1亿元增加到2012年的1653亿元，10年累计安排补贴7631亿元。具体包括：一是良种补贴。这是设立最早的补贴政策，2002年中央财政安排1亿元资金，在东北实行大豆良种补贴，正式开启了农业补贴的先河。历经10年扩增，累计安排补贴1149.3亿元，其中2012年补贴资金达到224亿元，补贴品种涵盖了10个主要农作物品种，其中，水稻、小麦、玉米、棉花、东北三省和内蒙古的大豆、长江流域10个省（市）及河南信阳和陕西汉中与安康地区的冬油菜、藏区青稞实行全覆盖，马铃薯、花生、天然橡胶在主产区开展试点，补贴面积共计18.5亿亩。同时，2006年中央财政启动了畜禽良种补贴，目前补贴品种包括奶牛、生猪、肉牛和肉羊，累计安排补贴52亿元。其中，2012年安排补贴资金12亿元，实现了荷斯坦奶牛补贴全覆盖，生猪冻精补贴基本覆盖生猪养殖大县。二是农机购置补贴。2004年国家正式开始对农民购买先进适用农业机械进行补贴，9年中央财政累计投入补贴资金729.7亿元，并从2008年开始补贴政策覆盖了全部农牧业县。2012年，中央财政安排购机补贴200亿元。三是种粮直补。2004年中央财政从粮食风险基金中拿出116亿元，将过去对流通环节的补贴调整为对种粮农民进行直接补贴，2007年后每年安排补贴151亿元，占到了粮食风险基金总规模的一半，9年累计安排补贴1144亿元。四是农资综合补贴。为减轻化肥、柴油等农资价格过快上涨对粮食生产的影响，2006年中央财政在种粮直补基础上又出台了农资综合补贴政策，并研究建立了“价补统筹、动态调整、只增不减”的长效机制，7年累计安排补贴4457亿元。其中，2012年补贴规模达到了1078亿元，亩均补贴达65元。此外，从2006年开始，中央财政设立了渔业柴油补贴政策，7年累计安排补贴728.8亿元，其中2012年达到240亿元。
以大县奖励为重点的地方政府财政奖补政策
为有效缓解县乡财政困难，调动地方政府重农抓粮的积极性，促进粮食稳产增产，2005年国家出台了产粮大县奖励政策。贯彻落实国务院促进油料生产的有关意见精神，2008年国家又出台了产油大县奖励政策。8年来中央财政累计安排产粮（油）大县奖励资金1331亿元，政策惠及1000多个产粮大县和900多个产油大县。其中，2012年奖励资金规模达到280亿元。生猪调出大县奖励政策设立于2007年，迄今6年共安排奖励资金155.2亿元，按照“引导生产、多调多奖、直拨到县、专项使用”的原则，支持地方政府发展生猪生产。其中，2012年安排奖励资金35亿元，政策惠及全国536个生猪大县。
以技术服务补助为主要内容的技术服务补贴政策
第一是农民培训补助。即“阳光工程”，始于2004年，年度资金规模从设立之初的2.4亿元增加到目前的11亿元，每年培训农民350万人左右，培训内容从初期重点转移就业农民的职业技能培训到目前主要面向农业的生产服务技术培训。第二是动物防疫补助。对高致病性禽流感等重大动物疫病实行强制免疫补助和强制扑杀补贴，对村级防疫员实施强制免疫等基层动物防疫工作经费予以补助，对规模化养殖场病死猪无害化处理给予适当补助。第三是农业生产关键技术补助。主要是对农民采用地膜覆盖种植、小麦“一喷三防”、水稻大棚育秧、深松整地作业等防灾减灾、稳产增产效果显著的关键技术进行补助，鼓励农民大面积采用新技术。2012年，中央财政设立了农业防灾减灾稳产增产关键技术良法补助项目，进一步加大对农业生产关键技术的补贴力度。
以农业保险补贴为主要内容的灾害损失补助政策
2007年，按照中央一号文件精神，中央财政启动了种植业、养殖业保险试点。2011年中央财政安排农业保险保费补贴资金91亿元，带动提供风险保障5500多亿元，覆盖农户1.6亿户次。2012年农业保险已经覆盖了玉米、水稻、小麦、棉花、油料作物、糖料作物、马铃薯、青稞、天然橡胶等9个种植业品种，能繁母猪、育肥猪、奶牛、牦牛和藏系羊等5个养殖业品种，补贴扩大到全国范围。对种植业保险补贴品种，在省级财政至少补贴25%的基础上，中央财政东部地区补贴35%，中西部地区补贴40%；养殖业方面，东部地区的能繁母猪和奶牛保险在地方财政至少补贴30%的基础上，中央财政补贴40%，育肥猪保险在地方财政至少补贴10%的基础上，中央财政补贴10%，藏系羊和牦牛补贴65%，其中中央财政补贴40%。
以草地保护为主要内容的农业生态环境保护奖补政策
包括退牧还草补贴政策、草原生态保护补助奖励政策等。退牧还草工程于2003年全面启动，国家对退牧还草给予必要的草原围栏建设资金补助和饲料粮补助。为进一步加强草原生态保护，从2011年起，国务院决定在内蒙古、新疆等8个主要草原牧区省（区），全面建立草原生态保护补助奖励机制，对牧民实施禁牧给予补助，实施草畜平衡给予奖励，同时实行牧民生产性补贴政策和牧草良种补贴等政策，实现了国家支持草原和牧民补贴政策的历史性重大突破；2012年奖补政策覆盖了全部牧业、半牧业县。