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比较基因组分析证明，玉米和水稻基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻和玉米基因的原位杂交定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。用与Xa-5连锁的RG556及RG556筛选出的BAC克隆44B4作探针对水稻广陆矮四号和玉米自交系黄早基进行了原位杂交，在水稻第5号染色体短臂才玉米第8号染色体长臂检出了杂交信号，信号与着丝粒百分距离分别为48．85、47．35、63．05。BAC－FISH信号检出率（41％）大大高于RFLP探针RG556（8％）的检出率。BAC－FISH需要Cot-1 DNA