【摘 要】
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【目的】对蛋白质所属的亚细胞区间进行预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能提供基础。【方法】以蛋白质序列的氨基酸组成、二肽、伪氨基酸组成作为序列特征,用BLAST比对改
【机 构】
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南京农业大学信息科学技术学院; 江南大学粮食发酵工艺与技术国家工程实验室; 苏州市康绿农产品发展有限公司;
【基金项目】
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中央高校基本科研业务费专项资金项目(No.KYZ201668);江苏省自然科学基金项目(No.BK2012363,BK20140002);江苏省博士后科研项目(No.1302038B)~~
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【目的】对蛋白质所属的亚细胞区间进行预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能提供基础。【方法】以蛋白质序列的氨基酸组成、二肽、伪氨基酸组成作为序列特征,用BLAST比对改进K最近邻分类算法(K-nearest neighbor,KNN)实现蛋白序列所属亚细胞区间预测。【结果】在Jackknife检验下,数据集CH317三种特征的成功率分别为91.5%、91.5%和89.3%,数据集ZD98成功率分别为93.9%、92.9%和89.8%。【结论】BLAST比对改进KNN算法是预测蛋白质亚细胞区间的一种有效方法。
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