植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性（distinct， uniformity， and stability， DUS）检测和实质性派生品种（essentially derived variety， EDV）评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经历了从形态性状和系谱为主过渡到了综合利用形态、系谱和分子标记信息的阶段，并将发展到以分子检测为主的阶段。分子标记的主要类型也从RFLP发展到SSR和SNP。基于靶向测序-液相捕获的芯片技术，具有分析成本低、标记组配灵活、适合用于不同植物的DUS-EDV评价。利用分子标记检测进行DUS-EDV评价有2个重要策略，一是在全基因组范围内进行全局性的比较和分析，二是利用与重要表型有关的功能位点特异性进行局部性、特异性检测。应该针对DUS和EDV分别建立各自的评价标准。DUS可以根据分子标记提供的特殊指纹图谱、单倍型、特有等位基因、特异基因组区段、特异功能标记、最低遗传纯合度、品种内单株间的遗传差异作出判断。EDV的主要评价指标是利用全基因组均匀分布的高密度标记所获得的材料间的遗传相似性，而不是差异的标记数。所采用的分子标记的数量和基因组覆盖率是决定分子检测效率和可靠性的关键。利用少量标记所获得的品种比较具有较大的抽样误差。区别EDV和非EDV品种的相似性指标可因作物物种和所需要的品种保护水平而异。本文回顾了世界各国主要的作物品种保护实践，建议在利用分子标记保护品种知识产权和监管品种中，建立由各方面专家组成的咨询委员会，根据分子检测技术的发展和功能标记的开发，不断完善和加强DUS-EDV评价体系，建立权威的品种保护数据库系统，有序提供查询和比对服务，以鼓励种业创新。