【摘 要】
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目的 筛选氧糖剥夺再灌注后BV2细胞中差异表达的基因.方法 取小鼠小胶质细胞BV2分为正常组(control组)和氧糖剥夺再灌注组(OGD/R组),对两组细胞进行转录测序筛选差异表达基因,在线网站(ht-tps://www.xiantao.love/products)对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析;数据库String(https://cn.string-db.org/)对差异表达基因进行蛋白质互作网络分析后,Cytoscape软件中选择cytoHub
【机 构】
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贵州医科大学 分子生物学重点实验室,贵州 贵阳 550004;贵州医科大学地方病与少数民族疾病教育部重点实验室,贵州贵阳 550004;贵州医科大学 分子生物学重点实验室,贵州 贵阳 550004;贵
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目的 筛选氧糖剥夺再灌注后BV2细胞中差异表达的基因.方法 取小鼠小胶质细胞BV2分为正常组(control组)和氧糖剥夺再灌注组(OGD/R组),对两组细胞进行转录测序筛选差异表达基因,在线网站(ht-tps://www.xiantao.love/products)对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析;数据库String(https://cn.string-db.org/)对差异表达基因进行蛋白质互作网络分析后,Cytoscape软件中选择cytoHubba插件筛选出评分较高的关键基因;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测两组关键基因的mRNA表达水平.结果 与control组比较,OGD/R组有122个基因发生明显差异表达(P<0.01),其中108个基因表达上调,14个基因表达下调;GO分析显示,122个差异表达基因与受体配体激活、静脉曲张、正调控STAT信号通路等相关;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集到白细胞介素-17(IL-17)信号通路中;蛋白质互作网络分析筛选出差异表达基因中10个评分较高的基因;qRT-PCR结果显示,与control组比较,OGD/R组中IL-6、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(Csf2)、IL-1β、丝氨酸(或半胱氨酸)肽酶抑制剂B分支成员2(Serpinb2)mRNA表达增加(P<0.05),而粒细胞集落刺激因子(Csf3)、Cd40抗原(Cd40)、前列腺素内过氧化物合酶2(Ptgs2)、IL-10、CXC基序趋化因子配体2(Cxcl2)以及IL-12b mRNA表达降低(P<0.05).结论 OGD/R处理可诱导BV2细胞基因差异表达,生物信息学分析可筛选出差异表达基因中的关键基因,qRT-PCR可检测关键基因发生差异表达的情况.
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