【摘 要】
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目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)亚洲型与非洲型基因组核苷酸序列同源性及结构蛋白C、前膜蛋白(pre-membrane,pr M)核苷酸和氨基酸序列差异,并探讨了ZIKV亚洲型和非洲型位
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室; 云南省虫媒传染病防控研究重点实验室;
【基金项目】
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国家十二五重大新药创新科技重大专项(2012ZX09104302);国家自然科学基金面上项目(81171946);云南省科技厅应用基础重点项目(2016FA029);云南省科技厅联合支持国家科技计划项目(2013GA018);中国医学科学院创新工程项目(2016-I2M-1-19);云南自然科学基金项目(2012FB188)
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目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)亚洲型与非洲型基因组核苷酸序列同源性及结构蛋白C、前膜蛋白(pre-membrane,pr M)核苷酸和氨基酸序列差异,并探讨了ZIKV亚洲型和非洲型位点突变可能产生的后果。方法在GenBank中登录的ZIKV亚洲型和非洲型序列中,分别选择5个不同的全长基因组序列,并获得其相应的氨基酸序列,采用BIOEDIT软件进行比对,分析相似度,统计不同型别间结构蛋白C、prM的核苷酸突变和氨基酸替代位点,并采用SimPlot软件分析两个型别间的同源重组。结果 ZIKV亚洲型与非洲型的核苷酸相似性在88. 00%～89. 00%之间;不同型别的结构蛋白C和prM碱基的突变比较显示,C基因共有19个碱基突变,prM基因共有48个碱基突变;氨基酸翻译比对显示,这67个碱基突变均为有效突变。两个型别结构蛋白C和prM编码的289个氨基酸中,占组成比例最多的均为亮氨酸(L),同源重组分析亚洲型与非洲型一致性较高,无重组信号。结论通过对ZIKV亚洲型与非洲型的结构蛋白C、pr M核苷酸序列、氨基酸的比较分析及同源重组分析,为研究ZIKV不同基因型间的生物学和致病性差异提供参考。
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