由于气候和人类活动的影响,近百年来咸海水位出现了明显的波动,湖泊面积波动幅度近6×10~4 km~2,由此产生了严重的区域生态环境问题。尤其是近50年来,随着流域人口增加、社会经济发展、工农业及生活用水造成的流域水资源匮乏,导致咸海面积快速萎缩,引起一系列区域环境问题,威胁当地居民的生存。咸海水位下降、面积萎缩主要引发了两个方面的生态环境效应:(1)绿洲的荒漠化。干涸的湖底直接成为荒地,形成新的沙源地;同时,区域地下水位下降,植被退化,草地沙化,加之风力从干涸湖底及临近沙漠区带来的风沙覆盖,形成新的沙漠带。改变的下垫面,影响湖泊对气候的调节功能,造成流域人居环境的恶化。(2)湖滨湿地的消失及湖水的咸化,使得湿地资源与渔业资源等周围居民赖以生存的经济来源消失,同时由于来自裸露湖底的污染尘暴影响,使得流域原有土地功能退化。另外,污染的空气与饮用水直接威胁当地居民的健康。