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建设主体功能区是推动我国区域协调发展和从源头上保护生态环境的战略举措。以主体功能区战略规划要求为导向,构建地方政府绩效评价运行机制,有助于发挥绩效考评“方向标”和“指挥棒”作用,提高环境保护的社会效益。文章在分析主体功能区的发展渊源和功能定位的基础上,梳理以主体功能区为导向的政府绩效管理研究成果,提出建立健全主体功能区政府绩效评价运行机制的措施建议。