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安徽天马国家级自然保护区共有国家珍稀濒危保护植物22种，其中国家重点保护野生植物10种（I级1种，Ⅱ级9种），珍稀濒危植物18种（2级5种，3级13种）。针对保护区内国家珍稀濒危保护植物面临分布区域狭窄、种群密度低、自然更新能力弱、人为干扰频繁等问题，提出了保护区应通过宣传教育、综合管理、动态监测、人工繁育、产业结构调整等对策，加大对珍稀濒危植物的保护力度。