大豆GmST1基因的生物信息学分析

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磺基转移酶(sulfotransferase,SULT)基因是一个基因超家族。对大豆磺基转移酶基因GmST1(Glyma.13G191400)进行基于生物信息学的基因结构分析与功能预测,结果表明:GmST1(Williams82)基因序列全长1 439 bp,CDS区长1 035 bp,编码344个氨基酸。通过序列比对,分析出在感病Williams 82和抗病品种东农93-046中,GmST1序列存在着非同义SNP,导致氨基酸改变。利用Plant CARE分析启动子元件,发现在基因启动子序列中含有多个与光诱导、生长素、水杨酸、干旱等相关的元件。在BAR数据库中分析了GmST1的拟南芥同源基因在不同逆境胁迫条件下基因表达情况,表明该基因表达具有组织表达特异性,参与盐胁迫、干旱胁迫和抗病等相关反应。 The sulfotransferase (SULT) gene is a gene superfamily. The structural analysis and functional prediction of soybean sulfotransferase gene GmST1 (Glyma.13G191400) based on bioinformatics showed that the sequence of GmST1 (Williams82) gene was 1 439 bp in length and 1 035 bp in CDS region, encoding 344 Amino acids. Through sequence alignment, it was analyzed that non-synonymous SNPs existed in GmST1 sequence in susceptible Williams 82 and Dongnong 93-046, which led to amino acid changes. Analysis of promoter elements using Plant CARE revealed that there were multiple elements involved in light-induced, auxin, salicylic acid, drought, etc. in the gene promoter sequence. The gene expression of Arabidopsis thaliana homologues of GmST1 under different stress conditions was analyzed in the BAR database, indicating that the gene expression is tissue-specific and involved in salt stress, drought stress and disease resistance.
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