【摘 要】
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目的利用生物信息学方法挖掘乙肝相关肝癌相关的lncRNA SNPs,为肝癌生物标志物筛选及致病机制研究提供线索和方向。方法通过SNAP工具获取GWAS识别的乙肝相关肝癌关联SNPs的易
【机 构】
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广东药科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系;
【基金项目】
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广东省自然基金(项目编号:2016A030313809);广东省科技厅公益能力(项目编号:2014A020212307);广东省高等学校优秀青年教师培养计划(项目编号:YQ2015098)
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目的利用生物信息学方法挖掘乙肝相关肝癌相关的lncRNA SNPs,为肝癌生物标志物筛选及致病机制研究提供线索和方向。方法通过SNAP工具获取GWAS识别的乙肝相关肝癌关联SNPs的易感区域。结合dbSNP和lncRNASNP等数据库匹配易感区域上的lncRNA SNPs,并采用rVarBase、HaploReg等数据库对SNPs进行功能注释。利用TCGA数据库的乙肝相关肝癌基因表达数据进行lncRNA的差异表达分析。结果基于GWAS和生物信息学工具共挖掘9个具有潜在功能的lncRNA SNPs(lnc-RP11-150O12.3 rs1008547、rs11776545、rs2275959、rs2298320 rs2298321和lnc-ACACA-1 rs7221955、rs9891142、rs9896574、rs9908998)。功能注释结果表明所有SNPs均位于染色质交互区域或转录因子结合位点;肝组织的组蛋白修饰标识显示多数SNPs位于启动子区或增强子区,且为DNase超敏感位点,可破坏转录因子的结合基序;其中3个SNPs在HepG2细胞系中被发现影响蛋白质结合。此外,两个lncRNAs在乙肝相关肝癌患者癌组织中的表达均高于癌旁组织。结论 lnc-RP11-150O12.3和lnc-ACACA-1上的9个SNPs具有潜在生物学功能,在乙肝相关肝癌的发生和发展中可能发挥重要作用。
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