【摘 要】
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基于大白菜全基因组数据对LEA家族基因进行全基因组鉴定与生物信息学分析,研究其序列特征、基因结构、启动子顺式作用元件、染色体定位、进化关系以及在不同组织中和低温胁迫下的表达模式.从大白菜基因组中总共鉴定出65个LEA家族基因成员,根据系统发育与保守基序分析,其可分为8个组;内含子较少,且不均匀地分布在10条染色体上,另有3个成员位于Scaffold上.启动子顺式作用元件分析显示,有29个(44.6％)成员拥有低温响应元件,除此之外,光响应元件和激素响应元件占比较高.共线性分析显示,大白菜BrLEA与拟南芥
【机 构】
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南京农业大学,作物遗传与种质创新国家重点实验室,农业农村部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,园艺作物种质创新与利用教育部工程研究中心,南京210095
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基于大白菜全基因组数据对LEA家族基因进行全基因组鉴定与生物信息学分析,研究其序列特征、基因结构、启动子顺式作用元件、染色体定位、进化关系以及在不同组织中和低温胁迫下的表达模式.从大白菜基因组中总共鉴定出65个LEA家族基因成员,根据系统发育与保守基序分析,其可分为8个组;内含子较少,且不均匀地分布在10条染色体上,另有3个成员位于Scaffold上.启动子顺式作用元件分析显示,有29个(44.6％)成员拥有低温响应元件,除此之外,光响应元件和激素响应元件占比较高.共线性分析显示,大白菜BrLEA与拟南芥AtLEA同源性较高,并在进化中较为保守.大白菜不同组织转录组数据表明,BrLEA基因在大白菜不同组织中的表达存在组织特异性.对筛选出的13个家族成员进行低温胁迫表达分析表明,受低温胁迫表达量都有所升高.
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