针对湿地生物多样性保护评估缺乏区域可比性和评估结果难以被管理部门应用的实际问题,以三江平原与伊犁—天山山地西段作为研究区,将InVEST模型的生境质量指数用于表征湿地生物多样性保护功能,采用基于参照基准的生境质量指数相对量方式,将研究区内湿地自然保护区生境质量指数的时间序列最大值用作生成评估指标相对量的参照基准,通过计算相对于参照基准的生境质量指数相对量,形成湿地生物多样性保护成效区域之间对比的评估指标,对1990~2010年期间研究区域生物多样性保护的具体成效进行动态对比评估。研究结果表明,三江平原和伊犁—天山山地西段的参照基准数值分别为0.83和0.36,它们能够有效反映两区域之间生物多样性保护功能的本底差异;三江平原生境质量指数相对量由-0.1428减小为-0.1683,总体呈现距参照基准较远且逐步远离趋势,而伊犁—天山山地西段生境质量指数相对量由-0.0427增大至-0.0285,它们更接近参照基准,并具有不断接近趋势,由此说明伊犁—天山山地西段湿地生物多样性的保护效果要优于三江平原。