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[目的]研究红曲分离株的遗传多样性和亲缘关系，为种质鉴定、保护和利用提供参考。[方法]用随机引物对10个红曲菌株进行RAPD分析，从中筛选出63特征性好，多态性高的RAPD图谱，用NTSYS-PC-2．1软件进行同一性和差异性分析并根据遗传距离构建系统进化树。[结果]红曲分离株间的同一性平均73．32％，表明它们的遗传背景具有很大的相似性；RAPD聚类结果与菌株的形态差异相关，表明RAPD分子标记进行菌株鉴别与传统形态分类鉴别结果基本一致，鉴别能力较强。[结论]基于RAPD多态性的遗传分析能从分子水平上揭