分析微小RNA-29a(miR-29a)在肺结核患者血清中的表达,并对miR-29a的靶基因进行功能预测分析,为深入研究miR-29a与结核病感染调控机制的关系及其生物学功能奠定基础。
方法病例组为未经治疗的活动性肺结核患者65例,对照组为健康志愿者45例,清晨空腹抽取静脉血,分离血清。用TRIzol试剂获取血清中总RNA,对RNA样本进一步纯化,通过紫外分光光度计和凝胶电泳检测RNA提取质量。用核酸杂交和荧光定量PCR检测miR-29a在血清中的表达。运用TargetScan与PicTar软件综合预测miR-29a的靶基因,取两者的交集作为靶基因。采用DAVID数据库对miR-29a预测的靶基因集合进行基因本体论(GO)注释描述分类,并分别提取GO的3类注释信息。采用网络调控分析软件Cytoscape中的插件BINGO进行GO注释的显著性分析。对靶基因集合进行生物通路富集分析。
结果核酸杂交结果表明,病例组血清中miR-29a表达(854±93)显著高于对照组(80±22),差异有统计学意义(t=3.541,P<0.05)。荧光定量PCR结果表明,病例组血清中miR-29a表达(1.35±0.62)显著高于对照组(0.18±0.07),差异有统计学意义(t=2.987,P<0.05)。预测miR-29a的靶基因集合分别富集在转录调控等生物学过程、金属离子结合活性等分子功能及细胞外基质等细胞组分;miR-29a的靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的黏附、细胞外基质受体相互作用等7个信号转导通路和Biocarta通路数据库中的整联蛋白信号通路、钙黏蛋白信号通路和Wnt信号通路等信号通路中。
结论活动性肺结核患者血清中miR-29a表达显著上调,miR-29a的靶基因参与细胞黏附、转录调控等生物学过程。