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代谢网络的研究是当今生物学研究中的新热点，使用图形聚类算法对代谢网络进行分析研究是一个有力的手段．文中提出了用图形聚类方法挖掘复杂代谢网络中蕴含的功能信息并进行模块相似性分析的方法，从系统生物学角度揭示光合作用的进化．介绍了马尔可夫聚类算法和模拟退火聚类算法两种图形聚类方法；给出了两种方法对叶绿体和蓝细菌的代谢网络进行聚类的结果；定义了模块相似度评价指标，挖掘叶绿体和蓝细菌间保守的功能模块，并对其网络结构进行了比较分析．