扁穗冰草PLD基因cDNA序列克隆及生物信息学分析

来源 :浙江大学学报(理学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：leng159461

【摘要】

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利用RT PCR技术和RACE方法克隆得到扁穗冰草(Agropyron cristatum(L.) Gaertn)PLD基因cDNA的全长,并对该cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性

【作者】

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史铁伟李勇韩冰康虹丽 LU Ping

【机构】

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内蒙古农业大学,生物工程学院,内蒙古,呼和浩特,010018内蒙古师范大学,生命与科学技术学院,内蒙古,呼和浩特,010022;

【出处】

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浙江大学学报(理学版)

【发表日期】

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2010年6期

【关键词】

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扁穗冰草磷脂酶D 克隆生物信息学 RACE

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利用RT PCR技术和RACE方法克隆得到扁穗冰草(Agropyron cristatum(L.) Gaertn)PLD基因cDNA的全长,并对该cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、进化树、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和分析.结果显示:扁穗冰草PLD基因具有2967个核苷酸,含有PLD所特有的HKD基序和C2结构域,属亲水性蛋白,二级结构以无规卷曲为主,蛋白质的三级结构显示两个HKD基序靠近形成具功能的活性位点,蛋白质无序化分析发现无序化区域较少;进化树分析表明与蒙古冰草亲缘关系最近,与草莓亲缘关系最远.为研究扁穗冰草PLD在干旱胁迫信号转导及应答过程的机理奠定基础.

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