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背景：胞质雄性不育（CMS）是由于线粒体基因组突变导致无功能性花粉产生的一种现象.对CMS和非CMS线粒体基因组的比较分析,揭示线粒体基因组间结构差异及因重组导致的广泛性重排具有重要意义.然而,在辣椒中与CMS相关的线粒体基因组结构及DNA重排机制仍不清楚.结果：获得了辣椒CMSFS4401 （507 452 bp）和可育系Jeju （511 530 bp）线粒体完全基因组序列.并对辣椒、烟草线粒体基因组进行了比较分析,发现其均存在广泛的DNA重排和低保守性的非编码DNA区.FS4401和Jeju线粒体基