目的 研究广州市某三甲医院实施按病种分值付费期间,影响住院医保费用结算差额的因素.方法 收集广州市某三甲医院2018年1月1日-2018年12月31日出院病例,并且付费方式为城乡居民医保和城镇职工医保患者,共计21591例住院病案首页信息.运用Delphi开发应用软件匹配每个住院病例的分值,采用Excel 2013整理数据,计算医保费用结算差额.利用IBM SPSS 21.0软件分析,按病种分值付费的住院医保费用结算差额的影响因素.结果 20岁～39岁、40岁～59岁、60岁～79岁、80岁及以上住院病例医保结算费用差额为亏损的可能性均低于20岁以下的病例.秋冬季入院的病例,其医保费用结算差额发生亏损的可能性均高于春季入院病例.急诊入院病例的医保结算费用差额发生亏损是门诊入院病例的0.90倍.住院5天～9天、10天～14天、15天及以上病例的医保费用结算差额发生亏损的可能性分别是住院5天以下病例的0.74倍、1.45倍、6.02倍.非临床路径病例的医保费用结算差额发生亏损是临床路径病例的1.23倍.非医嘱离院病例的医保费用结算差额发生亏损是医嘱离院病例的1.26倍.手术住院病例的医保费用结算差额发生亏损是非手术住院病例的0.86倍.转科病例、抢救病例的医保费用结算差额更容易发生亏损.病例分型为C型、D型病例的医保费用结算差额发生亏损的可能性分别为A型病例的0.83倍和1.16倍.结论 年龄、入院季节、入院途径、住院天数、临床路径、离院方式、手术、转科、抢救、病例分型影响按病种分值付费的住院医保费用结算差额,其中,影响最明显的是住院天数.