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[目的]研究上海地区汉坦病毒基因型分布. [方法] 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、核苷酸测序法和系统发生树分析上海宿主动物中获得的36株汉坦病毒M基因片段. [结果] 上海郊区汉坦病毒流行株有HTN型和SEO型,以HTN型为主;市区流行株为SEO型.核苷酸序列同源性及系统发生树分析表明上海地区HTN型汉坦病毒存在3个不同分支,不同HTN型病毒间的核苷酸的差异在6%-19%. [结论] 上海地区汉坦病毒以HTN型为主.可能存在汉坦病毒的不同基因亚型,对本市肾综合征出血热(HFRS)的防治有重要指导