【摘 要】
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目的 分析柯萨奇病毒B5(CVB5)云南分离株A210/KM/09全基因序列及其遗传特性.方法 设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列.结果 CVB5 A210/KM/09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210/KM/09全基因组核
【机 构】
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650118昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,650118昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,65
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目的 分析柯萨奇病毒B5(CVB5)云南分离株A210/KM/09全基因序列及其遗传特性.方法 设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列.结果 CVB5 A210/KM/09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210/KM/09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5/CC10/10同源性最高,其同源性分别为92.5％和97.3％；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954/85/US、2000/CSF/KOR、03001N、CoxB5/Henan/2010、CVB5/SD/09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1％ ～ 92.5％和95.0％～ 97.3％;A210/KM/09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3％ ～ 96.3％和85.3％～100.0％,其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低.基于CVB5全长VP1基因序列进行种系进化分析,可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型,其中C基因型可再分为C1～C4基因亚型,D基因型可再分为D1～D4基因亚型.中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型,国外流行株主要聚集在D1、C2亚型.结论 A210/KM/09分离株为C4基因型。
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