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高频天波超视距雷达（oTHR）利用电离层的反射，具有超视距监测大区域范围内目标的能力。但电离层的时变性将导致长相干积累时间条件下相位路径失真，造成回波谱展宽，不利于舰船目标的检测。本文提出了一种基于多扫频接收方案的电离层相位失真估计算法，可获得很高的相位路径失真估计精度。通过详细的理论推证和仿真实验验证了该方案的可行性。